20 ноября 1981 года приказом Аптечного управления Тюменской области № 219 в поселке Белый Яр Сургутского района был создан Аптечный склад. Со дня образования были взлеты и падения и периоды застоя, были времена весомых достижений. Перестройка от коммерческой структуры (ГП ХМАО «Аптечная база»), в основу деятельности которой был заложен приоритетный принцип извлечения прибыли, до бюджетного учреждения, выполняющего социальные функции, проходила долго. Процесс успешно завершился благодаря четкому контролю Департамента здравоохранения ХМАО-Югры, под эгидой которого продолжается формирование структуры регионального лекарственного обеспечения.

25 декабря 2015 года распоряжением правительства Ханты-Мансийского автономного округа – Югры №776-рп государственное предприятие «Аптечная база» реорганизовано путем преобразования в бюджетное учреждение Ханты-Мансийского «Региональный аптечный склад». 16 ноября 2018 года также распоряжением правительства ХМАО – Югры № 605-рп тип учреждения изменен с бюджетного на автономное.

25 декабря 2015 года распоряжением правительства Ханты-Мансийского автономного округа – Югры №776-рп государственное предприятие «Аптечная база» реорганизовано путем преобразования в бюджетное учреждение Ханты-Мансийского «Региональный аптечный склад». 16 ноября 2018 года также распоряжением правительства ХМАО – Югры № 605-рп тип учреждения изменен с бюджетного на автономное.